Идея создания музея истории школы родилась в 1995 году в ходе подготовки к 90-летию гимназии. Практическая реализация этой идеи началась с изготовления серии выставочных стендов определённой тематики, богатых наглядным материалом и содержательной информацией. Первым руководителем музея стала Мирзоян Елена Викторовна. Затем в разные периоды времени музей возглавляли Варнавская Татьяна Михайловна, Вишнивецкая Маргарита Анатольевна, Шебеда Валентина Николаевна, Артюхова Елена Алексеевна, Бережная Наталья Николаевна. Сегодня музеем руководит Шкиря Наталья Борисовна.
Активное участие в создании музея приняли учащиеся и учителя гимназии. Первой изучением документов и обработкой собранных сведений занялась бывшая ученица нашей школы Пестова Татьяна под руководством учителя истории Шкиря Натальи Борисовны. Написанная ею реферативная работа до сих пор служит основным источником информации по истории создания гимназии № 3. Большая часть компьютерных презентаций создана теперь уже выпускницами, а на тот момент ученицами 7 «А», 7 «Г» и 9 «Б» класса Дегтяревой Аллой, Трушко Катей, Пантелеевой Ирой и Поповой Леной под руководством учителя истории Шебеда Валентины Николаевны.
В настоящий момент музей является частью созданного в гимназии музейного комплекса «Память» и продолжает развиваться. Идёт постоянная работа по сбору, обработке материала и дальнейшему оформлению экспозиций. Много интересных материалов поступило в музей накануне 115-летия гимназии. Некоторые из них сразу же заняли достойное место на стендах и витринах.
Музей органично вписался в жизнь нашей школы и стал неотъемлемой частью всего учебного процесса. В его стенах проводятся интересные мероприятия, встречи, диспуты, различные творческие конкурсы. Для обеспечения преемственности поколений в музее проводятся экскурсии для ребят среднего звена и учеников начальной школы. Здесь они на наглядном материале знакомятся с исторической родословной школы, с прошлым и настоящим родного учебного заведения. Музей помогает ребятам ощутить себя членами одной большой школьной семьи, даёт возможность каждому внести свой посильный вклад в написание её истории и испытать чувство гордости за неё.